Windows Commander提供了DOS的命令行操作功能，在程序界面的命令行中输入大多数的DOS命令，Windows Commander都可打开Windows中的DOS窗口执行该命令。

　　如果是CD、MD、RD等目录命令则在文件窗口中执行。执行完命令后，DOS窗口将自动关闭。如果用“Shift＋Enter”键来确定执行命令则DOS窗口不关闭。使用“Alt＋F8”或“Ctrl＋光标上下键”可以选择执行以前执行过的命令（WC可以记录20个命令）。

　　Windows Commander提供的磁盘功能较少，但将鼠标指针指到驱动器选择框，按鼠标右键，则弹出Windows的快捷菜单，可以调用Windows的磁盘工具来进行格式化等操作。(如下图）