在左窗口中选择待拷贝的文件，使用鼠标将选定的文件直接拖动到右窗口中目标位置，程序会问是否拷贝，点击“OK”按钮即可进行文件拷贝。注意，这种拖动拷贝操作既可在左右窗口间进行，也可在同窗口不同目录内进行。如果使用键盘操作，可按“Tab”键切换回左文件窗口后，按“F5”键，再输入要拷贝到的目录名称即可。

　　使用Windows Commander可以很方便地查看拷贝的文件及目录大小（“Space”键），以及拷贝到的目标磁盘剩余空间，这给拷贝文件到软盘带来很大的方便。快捷键“Shift＋F5”键的功能就是在本目录中以不同的名称复制选择的文件，“Ctrl＋Shift＋F5”键功能是创建Win9X系统中的快捷键。可以将文件拷贝到ZIP压缩包中（压缩文件）和从压缩包中拷贝文件到一般目录中（解压文件）。

　　如果觉得刚刚拷贝的某个文件多余了，可用“F8”键删除文件到回收站。而“Shift＋F8”键则可以直接删除文件。按“F6”键可对选择文件进行更名或移动（WC会根据输入的名称来决定是更名或是移动），按“Shift＋F6”键则是只对文件进行更名。

　　如果将ZIP文件更改为EXE文件，则Windows Commander会自动将ZIP压缩文件包转换为自解压文件。